Cette version contient en plus le mode Ultimate de l'épisode I de Phantasy Star Online.Des protection contre les différentes tricheries permises par le Game Shark ont également été incluses.

Face à la destruction imminente de leur monde, Coral, un projet d’évacuation à très grande échelle a été mis au point afin de trouver une planète habitable : le projet Pioneer. Des sondes automatiques envoyées dans l’espace ont permis de découvrir une planète où la vie y était très riche. La première vague de colons était principalement composée de scientifiques. Ils s’y sont rendus à bord du vaisseau Pioneer 1 et ont baptisé Ragol le futur foyer de l’humanité. La première branche d’activité de l’équipage de Pioneer 1 était d’établir le Central Dome, où le reste de l’humanité pourrait prendre contact avec leur nouvelle maison.

Sept ans plus tard, la vague principale de réfugiés se rend enfin sur Ragol, sur laquelle l’équipage de Pioneer 1 a travaillé pour la rendre agréable et confortable. Le transport se fait grâce à Pioneer 2, un Vaisseau-Monde, relié à des vaisseaux plus petits. Tout semble se passer pour le mieux, jusqu’au moment où Pioneer 2 entre en orbite autour de Ragol et essaye de rentrer en communication avec le Central Dome. Une gigantesque explosion sur la planète coupe toute communication, et tout contact avec les milliers d’hommes et femmes sur Ragol est perdu. Les Hunter entrent en scène …

Les Hunters (chasseurs) sont des mercenaires qui prendront toutes les formes de boulot possibles pour toucher des mesetas. Ce sont d’habiles combattants dans une ou plusieurs des trois formes de combats : épées et autres armes de mêlées (Hunters), armes à feu et autres armes lourdes à longue distance (Rangers), ou invocations magiques connues sous le nom de Techniques (Forces). Les hunters existent sous la forme de trois races : Humains, Newmans (humans aux oreilles pointues possédant de grand pouvoirs psychiques, créés par la technologie biogénétique), et les androïdes (connus sous le nom de « Casts »). Heureusement pour les citadins de Pioneer 2, il y a énormément d’Hunters sur le vaisseau et le Principal leur a demandé de descendre sur Ragol afin de découvrir ce qui s’est passé.

En explorant Ragol, les hunters découvriront beaucoup de messages sous la forme de capsules laissées par Rico Tyrell (alias « Red Ring Rico »), un scientifique et hunter sur Pioneer 1. Rico, fille unique de Colin Tyrell, Principal de Pioneer 2, était brillante, douée, et très populaire parmi la population. Tout en étudiant la faune de Ragol, elle commença à noter que tout n’allait pas si bien qu’on pourrait le croire. Les animaux ont commencé à agir étrangement avec elle et Rico décida donc de poursuivre ses recherches plus loin. En suivant les traces de Rico, les hunters découvrent petit à petit les mystères qui se cachent derrière tout ça, et ce ne sont pas de bonnes nouvelles…

Il semblerait que la planète Ragol soit en fait un cercueil où vivent des êtres immondes, pourvus de pouvoirs monstrueux. Connu sous le nom de Dark Falz, cette entité maléfique avait affecté une civilisation il y a un nombre inconnu d’années. Les derniers combattants de cette chose n’ont pas pu la vaincre, mais ils sont parvenus à la sceller loin dans les profondeurs de cette planète… Les colons de Pioneer 1 ont fragilisé le sceau qui la retenait. Rico, elle-même, a dû libérer Dark Falz de sa prison.

La plus grande mission des hunters est de détruire cette créature. Peut-être ainsi, les habitants de Pioneer 2 pourront enfin vivre sur Ragol…