Pokémon XD vous donnera également l'occasion d'affronter vos amis sur des combats à deux ou à quatre ! Pour cela battez vous avec des Pokémon des jeux Game Boy Advance Pokemon émeraude , rouge feu , vert feuille, rubis et saphir en les important grâce au câble Game Boy Advance-nintendo Gamecube

Une sinistre organisation utilisant les Pokémon obscurs projette de dominer le monde. Avec l'aide de vos compagnons Evoli et de nombreux amis rencontrés au cours de votre aventure, vous devez combattre de terribles ennemis ! C'est une véritable course contre la montre. Purifiez les Pokémon et sauvez le monde !!