Samus reçoit un signal de détresse d'un vaisseau des pirates de l'espace en orbite autour de Tallon IV, dont l'équipage a été tué par les sujets d'expériences génétiques effectuées par les pirates de l'espace. En arrivant dans le cœur du réacteur du vaisseau, elle combat un parasite de taille anormalement géante dû aux expériences des pirates, puis quitte le vaisseau qui, souffrant de dommages importants, est sur le point de s'auto-détruire. Une surtension électrique cause la perte de beaucoup de ses capacités et aptitudes, notamment le lance-missiles et la boule morphing. Après avoir vu Ridley s'envoler vers Tallon IV, Samus rentre dans son vaisseau et se prépare à atterrir sur la planète.
