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Le début du jeu commence à Soleanna (ville inspirée par Venise) pendant la nuit du Festival du soleil. La princesse de cette contrée, Élise, est enlevée par le Dr Eggman dans le but de détruire ce royaume. Sonic se précipite à Soleanna pour empêcher ce complot et sauver la princesse, mais un mystérieux hérisson blanc nommé Silver s'est soudain dressé devant Sonic, l'empêchant de réaliser sa mission, avec ses pouvoirs incroyables, croyant que Sonic était « le Cœur d'Iblis ».