Cette version définitive sortie sur Game Boy Color complète le jeu original de la Game Boy avec l'ajout d'un donjon inédit et de graphismes en couleur. Un personnage fait son apparition c'est le photographe il prend le joueur en photo dans certaines situations .les photos peuvent aussi être imprimées avec le Game Boy Printer.

Link s'échoue sur la mystérieuse île Cocolint. Pour pouvoir retrouver la douceur de son foyer, il devra affronter un nouvel ennemi issu de ses pires cauchemars et résoudre l'énigme du Poisson-Rêve. Au cours de sa quête à la recherche des huit Instruments des Sirènes, Link sera amené à collectionner des objets légendaires tels que les Bottes de Pégase ou le grappin, à traverser des donjons aux pièges innombrables et à vaincre des boss terrifiants.