les versions sortie sur consoles portables sous le nom de "Blackgate" diffère totalement des version sortie sur console de salon.

Une explosion ayant permis à certains des criminels les plus recherchés de Gotham City de prendre le contrôle de la prison de Blackgate, Batman doit rétablir l'ordre dans la prison de haute sécurité dans un scénario unique qui se déroule trois mois après les événements de Batman: Arkham Origins sur Wii U. Le Joker, le Pingouin et Black Mask ont pris le contrôle de la prison, et avec plusieurs autres redoutables ennemis hantant aussi les lieux, la nuit s'annonce longue et sombre pour le Chevalier noir.

Nous ramenant plusieurs années avant les événements de Batman: Arkham City Armored Edition, Batman: Arkham Origins nous fait découvrir un Batman inexpérimenté, mais tout de même dangereux, alors qu'il rencontre pour la première fois certains de ses ennemis les plus redoutables. Alors que le chef de la pègre Black Mask met à prix la tête de Batman et que plusieurs assassins rivalisent pour décrocher la prime en cette veille de Noël, Gotham City est plus sombre que jamais...