C'est un jeu qui met en scène un bon gros ours loufoque appelé Banjo et qui balade dans un sac a dos d'un bleu pétant un oiseau a la crête rouge et a la voix rauque. Tout commence quant la diabolique sorcière Gruntilda enlève Tooty, l'adorable petite sœur de Banjo, pour l'utiliser comme cobaye dans les inventions qu'elle met au point afin de restaurer sa beauté fanée. Pas le temps de lambiner pour Banjo qui se met tout de suite en route pour délivrer sa sœur avec l'aide de son inséparable compagnon Kazooie planqué dans son sac a dos. Pour le tandem, c'est un travail d'équipe de tous les instants afin d'éviter les nombreux obstacles et dangers rencontrés dans le repère de Gruntilda.
