Le jeu se déroule quatre ans après la rencontre de Jason avec le plutonium boss et les mutants radioactifs sous la terre (le premier blaster master ). Son seul souvenir de l'incident est SOPHIA , le véhicule qu'il a utilisé pour les arrêter, qu'il a caché dans une grange abandonnée . Un jour, la foudre tomba sur la maison et casse le plafond , frappe Jason qui devient inconscient. Quand Jason se réveilla, S.O.P.H.I.A. était en morceaux et les pièces qu'il avait recueillies dans ca premières aventure ont été portés disparus. Jason comprend qu'il ya plus que la foudre , pas de hasard, et qu'ils ont l'intention de détruire la Terre .
