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De nombreux mois ont passé depuis leurs aventures de The Legend of Zelda: The Wind Waker et Link, Tetra et sa bande de pirates ont sillonné les mers à la recherche de nouvelles terres jusqu'à ce qu'ils découvrent une mer recouverte d'un épais brouillard où mouille un navire abandonné. En voulant explorer le navire seule, Tetra se met rapidement en danger. En voulant venir à son secours, Link tombe à l'eau. Echoué sur la plage d'une île mystérieuse, Link reprend conscience, réveillé par la voix d'une fée. Avec l'aide de cette fée, il part à la recherche de Tetra avant d'essayer de retrouver la voie des mers.