Le légendaire coffret céleste est plus connu sous le nom de boîte de Pandore car on dit qu'il aurait le pouvoir de causer la mort de quiconque ose l'ouvrir. Cette rumeur est-elle fondée ou est-ce là un mythe venu du fond des âges ? Le professeur Layton n'accordait guère crédit à ce mythe jusqu'à ce qu'une lettre de son vieil ami, le Dr Schrader, lui parvienne. Ce dernier lui indique qu'il a localisé le coffret et s'apprête à l'ouvrir. Le professeur a un mauvais pressentiment et en effet, lorsqu'ils arrivent à l'appartement du Dr Schrader, ils trouvent ce dernier sans vie. Est-ce l'œuvre du coffret céleste ou cette affaire trouve-t-elle son origine bien plus loin ? Un mystérieux billet de train pour le Molentary Express constitue le seul indice que Luke et le professeur ont en leur possession. Mais, chose étrange, aucune destination n'y est indiquée… Où ce train peut-il bien se rendre ?
