Link est un jeune conducteur de train qui est convié au château d'Hyrule pour y recevoir son diplôme de conducteur des mains de la princesse Zelda. Celle-ci est inquiète pour son royaume : les voies ferrées qui parcourent Hyrule disparaissent peu à peu, et le ministre l'effraie. Elle se rend avec Link à la Tour des Dieux, lieu de résidence d'un des sages connaissant les voies ferrées. Link et Zelda découvrent que le ministre n'est autre qu'un démon du nom de Kimado voulant la résurrection du Roi Démon Mallard.