Le héros à moustache préféré de la planète est de retour dans le troisième Paper Mario et donne une nouvelle perspective à la série. Il va faire appel à ses amis, voire ses ennemis de toujours, pour vaincre un mystérieux méchant, venu d'un étrange univers parallèle. Aidez Mario à neutraliser le Comte Niark, avant que ce dernier ne réussisse à créer un Cœur du Chaos et ne mette fin au monde tel que nous le connaissons. Jouez avec Luigi, la Princesse Peach et Bowser, une fois que vous les aurez libérés.