Un jour, un vaisseau spatial venu de nulle part s'est écrasé sur la planète Bomber. En explorant les environs à la recherche d'indices, Bomberman fait la rencontre de Pibot, un robot pilote complètement déboussolé. Selon lui, les généraux de l'empire Garaden ont attaqué la planète Primus Star et kidnappé la princesse Millian, qui tentait de s’enfuir avec le vaisseau de Pibot ! Entendant cela, notre héros décide de partir à sa recherche, même s'il doit pour cela fouiller toute la galaxie.