Tout commence par l'étrange disparition de tous les enfants du royaume de Bastione. Le roi, inquiet, décide alors d'envoyer son meilleur et plus fidèle élément, Ragnar, le capitaine des soldats royaux, enquêter sur cette tragédie. À l'autre bout du continent, la jeune tsarine de Zamoksva, Alina, veut quitter le château de son père et partir à l'aventure. A Lakanabe, Torneko rêve d'ouvrir un magasin d'armes: il travaille chez un marchand et connaît tout de ce commerce mais n'a pas assez d'argent pour créer son entreprise et travailler à son propre compte. Il décide de quitter sa femme et son fils pour partir dans le désert dans l'espoir de devenir le plus grand marchand d'armes du monde. Mina et Maya, deux sœurs, filles de Mahabala, un alchimiste renommé, assassiné mystérieusement, décident de quitter leur cabaret pour venger la mort de leur père. Mina est diseuse de bonne aventure et Maya est une danseuse hors-pair. Dans le dernier chapitre du jeu, le héros -vous-, après la dévastation de votre village, retrouve progressivement tous les personnages dont on a vécu les aventures dans les chapitres précédents. Ainsi, Ragnar, Alina (ainsi que Borya le magicien et Kiryl le prêtre, qui accompagnent Alina), Torneko, Mina et Maya vont unir leurs forces pour combattre un ennemi commun, Psaro l'Extérminateur, le maître du Mal.

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