Le joueur suit les aventures de Rex à travers sa quête pour guider Pyra à l'Elysium et y rencontrer l'Architecte. Tout au long de son aventure, Rex fera également face à d'autres problématiques : l'épuisement des titans, ce qui déclenche des guerres entre les différentes nations, et l'envie de destruction de l'humanité de Malhos et son groupe.