Aegis Defenders suit une paire de Ruinhunters, Bart et sa petite-fille Clu, alors qu'ils découvrent une arme puissante connue sous le nom d'Aegis et se lancent dans une quête pour l'empêcher de tomber entre les mains d'un empire maléfique. En chemin, ils s'associent à Kobo le drone compagnon, Kaiim le moine et Zula le bandit.