Le jeu se déroule dans le système d'étoiles Atlas. Au début du jeu, le vaisseau mère du joueur, Equinox, est pris dans une embuscade par la légion oubliée et reste bloqué sur une planète proche. Le capitaine de l'équinoxe est pris en otage. Le chef de la Légion, Grax, est obsédé par une race disparue appelée les Gardiens, qui a laissé une grande partie de leur technologie ancienne derrière eux. Grax, qui souhaite utiliser cette technologie pour sa propre légion, constitue une menace constante à laquelle le joueur doit faire face tout au long de son parcours.