Link se réveille après un long sommeil d'une centaine d'années dans le «Sanctuaire de la Renaissance». Une voix l'appelle. Ainsi va commencer cette aventure dans un Hyrule largement dévasté. Pour comprendre ce qu'il s'est passé il y a un siècle, Link devra faire appel à plusieurs personnages capables de lui conter les événements antérieurs à son sommeil. Ainsi le héros s'aventure dans le royaume d'Hyrule pour recouvrer sa mémoire perdue, en passant dans différentes régions comme la forêt, la plaine, la montagne, la mer ou le désert. Link doit dompter la nature et revenir à un monde purement sauvage dominé par Ganon, le fléau.