Les 80 puzzles sont divisés en quatre types de casse-têtes, avec 20 jeux chacun et une difficulté de plus en plus élevée. Le but des puzzles animés est de rassembler les différentes parties de l'image d'un Pokémon animé. Dans les puzzles d'ombre, votre tâche se complique car vous ne pouvez voir que la silhouette du Pokémon que vous tentez de remettre en un seul morceau. Dans la mission de sauvetage, vous devez aider un Pokémon piégé à échapper au labyrinthe de son puzzle en déplaçant les blocs qui mènent vers la sortie. Le défi final, qui comprend 20 étapes secrètes (indiquées par un mystérieux point d'interrogation), un véritable casse-tête, vont donner du fil à retordre même aux meilleurs des Pokémon Puzzler.Pokémon Puzzle Collection exploite également le mode Pokémon Mini's Rumble qui vous fait ressentir toutes les vibrations des actions. En plus, vous pouvez appuyer sur le bouton C Button (sur le côté de la Pokémon Mini) à l'écran de titre du jeu pour activer le mode de chronométrage intégré. Cela veut dire que vous ne pourrez plus expliquer vos retards par le temps que vous aurez passé à résoudre les puzzles Pokémon !