Dans Enter the Matrix on ne retrouve pas les principaux personnages du film, comme Neo ou Morpheus, mais à la place, vous prenez le contrôle de Niobe et de Ghost - deux nouveaux personnages qui apparaissent dans Matrix Reloaded.En associant de vraies images du film avec les graphismes du jeu, chaque mission vous propose de 'jacking in' vers la Matrix et de tenter de mettre à terre le régime contrôlé par ordinateur qui menace de faire disparaître l'humanité.