Le jeu se déroule huit ans après la défaite de l'Empire lors de la bataille d'Endor. La Nouvelle République a été instaurée et poursuit les vestiges de l'Empire à travers la galaxie.

Kyle ainsi que sa compagne de toujours Jan Ors, partent pour une planète appelée Kejim. Cette piste les mènera jusqu'à Artus Prime, une planète contrôlée par la Nouvelle République. Kyle et Jan s'y rendent et découvrent que la planète est sous contrôle Impérial. Kyle découvre qu'il y a des prisonniers et décide de les libérer. Lorsqu'il revient à la surface, les prisonniers se sont fait piéger. Kyle les aide et continue son aventure lorsqu'il reçoit un message de la part de Jan.

Cependant, lorsqu'il la retrouve, elle est prisonnière d'un Jedi noir nommé Desann et de son bras droit Tavion. Kyle les affronte mais il est vaincu par Desann. Lorsque ce dernier ordonne à son apprentie de tuer Jan, Kyle devient fou de rage mais ne parvient pas à l'empêcher. Desann prend la fuite et Kyle part aussi de son côté…