Muramasa vous plonge au cœur de la mythique époque Genroku. Vous êtes un ninja ou une kunoichi ayant pour mission d'arrêter le shogun Tokogawa, brillant mais corrompu, qui par sa soif de pouvoir a déchaîné la malédiction des Lames démoniaques. Armé de ces Lames il sème terreur et chaos sur son passage. A tel point qu'il finit par libérer des esprits maléfiques, un puissant dragon et des divinités démoniaques qui se répandent dans les environs.